Kod svakog predstavljanja novog modela iPhone-a, Apple ne propušta naglasiti kako novi model radi brže, a ugrađena baterija traje duže. Nedugo nakon što je iPhone 5S postao dostupan, korisnici su počeli prijavljivati određene probleme sa novim baterijama koji su se kod jednih odrazili kroz pojačano pražnjenje, dok kod drugih kroz produženo vrijeme punjenja.
Konačno se oglasio i Apple putem portparilkinje Terese Brewer, koja je priznala uočene probleme uz pojašnjenje da se ne radi o problematičnim baterijama već o grešci prilikom proizvodnje iPhone-a 5S, a koja rezultuje opisanim problemima.
Prema Apple-u greška se javlja kod ograničenog broja iPhone-a 5S i korisnici koji su pogođeni tim problemom biće kontaktirani radi besplatne zamjene neispravnih telefona.